Backofen auf 180 Grad (Ober- und Unterhitze) vorheizen.
Fleckerlnudeln in reichlich Salzwasser eine Minute weniger als die Garzeit auf der Packung angibt kochen. Abseihen und abtropfen lassen.
Schinken in 5 mm große Würfel schneiden, Zwiebel schälen, sehr fein hacken. Die Butter in einer Pfanne erhitzen, bis sie schäumt, Zwiebeln darin glasig anschwitzen, dann den Schinken zugeben, 1 Minute mitbraten, dann die Petersilie untermischen und beiseitestellen.
Chilischoten fein hacken. Eier, Sauerrahm, Chili und den Parmesan in einer großen Schüssel glattrühren, Fleckerln und Schinken-Zwiebel-Mischung zugeben, kräftig mit Salz und Pfeffer abschmecken. Eine Auflaufform mit Butter bestreichen, Masse hineinfüllen und mit dem Gruyère bzw. Emmentaler bestreuen. 15 Minuten backen, dann auf Oberhitze 220 Grad stellen und noch circa 4 Minuten backen, bis der Käse goldbraun ist.
Während die Schinkenfleckerln im Ofen sind, die Sauce zubereiten: Paprika waschen, halbieren, Kerngehäuse entfernen. Fruchtfleisch in circa 1 cm große Stücke schneiden. Butter zerlassen, Paprika darin etwa 5 Minuten bei mittlerer Hitze dünsten. Knoblauch schälen, dazu pressen. Mit dem Hühnerfond aufgießen, Lorbeerblatt zugeben und 15 Minuten ohne Deckel köcheln lassen. Lorbeerblatt entfernen, mit dem Stabmixer sämig mixen, mit Salz und Pfeffer würzen. Möchte man die Sauce besonders fein haben: mixen, durch ein Sieb passieren und nochmals mit dem Stabmixer schaumig aufmixen.
Schinkenfleckerl aus der Auflauflaufform heben und mit der Paprikasauce anrichten.